En la osteomielitis crónica, además del uso de antibióticos de forma prolongada, en muchas ocasiones se requiere cirugía, limpiando la zona afectada del material infeccioso, desbridando los tejidos muertos para facilitar la llegada del antibiótico, y rellenando los defectos óseos.

También se puede aplicar un tratamiento antibiótico local en el hueso afectado. Si no funcionan el tratamiento antibiótico ni el quirúrgico, se puede ensayar la oxigenoterapia hiperbárica. En ocasiones es muy difícil conseguir la curación completa de la osteomielitis crónica, y puede ser necesario tomar antibióticos de forma prolongada. En alguna ocasión se puede tener que llegar a amputar.  El éxito del tratamiento depende no sólo de los antibióticos y de la posible cirugía, sino también de la posibilidad de mejora de la enfermedad subyacente: se deben corregir los déficits nutricionales de los pacientes desnutridos, mejorar el riego sanguíneo en los pacientes con isquemia si es posible, o mejorar el control de la diabetes. El fracaso del tratamiento puede conllevar la recidiva de la infección. En casos extremos se pueden producir fístulas en la zona, o una amiloidosis secundaria, aunque esto es poco frecuente.

Las medidas de prevención más importantes frente a la osteomielitis son el control de las enfermedades crónicas que puedan facilitar su aparición y evitar la infección asociada a la cirugía osteoarticular.

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